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Les modèles de domaine conservés par NCBI sont souvent accompagnés de l`emplacement et de la caractérisation des sites fonctionnels, tels que les sites actifs ou les sites de liaison pour les cofacteurs, les acides nucléiques, les ions et les polypeptides. Celles-ci sont enregistrées en même temps que des éléments de preuve, tels que des complexes explicites observés dans la structure 3D déterminée expérimentalement ou dans la littérature publiée. Les sites sont enregistrés uniquement s`il semble évident qu`ils peuvent être mappés sur une majorité, sinon tous, des membres de la famille de protéines modélisés par l`alignement du domaine. Les alignements de requête à modèle calculés par RPS-BLAST peuvent être utilisés pour transférer des annotations de site sur la requête de protéine. Actuellement, 13 562 sites ont été enregistrés sur 5214 modèles (environ 86% de tous les alignements de domaine conservés par NCBI). L`annotation de site dérivée de CDD est visible dans l`affichage par défaut des enregistrements de séquences dans la base de données entrez/Protein, et les descriptions fonctionnelles des sites ainsi que les preuves peuvent être examinées en détail sur les pages de résumé du domaine conservées, qui sont accessibles via Entrez/CDD. Le logiciel CDTree/Cn3D, disponible pour les plateformes MS Windows et Mac OS X, peut être utilisé pour visualiser les hiérarchies de domaine conservées, les alignements, les annotations, les sites fonctionnels et les preuves correspondantes en détail. Cdtree et Cn3D sont des applications d`assistance qui peuvent être lancées via les pages de résumé de domaine conservées, et ils sont également les principaux outils de conservation utilisés dans le projet de CDD. La fonctionnalité des modèles est très en version bêta, et va évoluer de manière significative dans l`année à venir. Nous aimerions entendre ce que vous voulez être en mesure de faire avec les modèles, pour aider à guider cette évolution.

Lisez le didacticiel sur les modèles CDD. Il s`agit également de la version introductive des modèles CDD, qui est incluse dans votre abonnement CDD vision. S`il vous plaît contacter [email protected] pour savoir comment commencer à l`utiliser. Hits spécifiques – indiquant une confiance élevée dans l`annotation avec un modèle organisé par NCBI, où le score d`alignement du modèle de requête dépasse un seuil spécifique au modèle (10). Au niveau de chaque sous-groupe individuel, la similitude de la séquence de requête à d`autres membres de cette famille peut être examinée. Nous enregistrons des entités conservées dans des modèles d`alignement de CD, tels que des sites actifs ou des interfaces de liaison, et leurs emplacements et les schémas de conservation des résidus peuvent être examinés dans le contexte de la requête. Nous fournissons des annotations supplémentaires, telles que des liens vers la littérature dans PubMed et des liens vers des manuels dans entrez, de sorte que l`utilisateur peut en apprendre davantage sur la biologie des familles respectives. Le projet CaaS a élaboré une méthodologie de développement axé sur les capacités (CDD) pour soutenir le cycle de vie des capacités dans les entreprises. Le CDD se compose de divers composants abordant différents aspects de la modélisation, tels que la modélisation d`entreprise (modélisation des objectifs, processus, etc.), la modélisation du contexte, la modélisation des modèles et la conception des capacités. Un certain nombre d`extensions de méthode pour répondre à des défis commerciaux spécifiques ont également été développées.